《航海王黄金城》作为是大剧场版，讲述的是一个传说中的黄金城，这个城市富丽堂皇，周围被黄金点缀，是一座世界闻名的城市。而这座黄金城的背后却是一个比黄金更珍贵的东西。在银河级剧场中，故事并没有围绕着海贼团展开，而是讲述了牵扯着一个广场与花之国主热诺米，和神秘海盗哥尔·D·罗杰一样的传说人物阿布里。
这一次，路飞和海贼团的目标是邪恶海贼嘉莉·暗，他要收集黄金城的所有财宝，以赚取超级巨型金属——能够制造战争兵器，进而实现征服世界的野心。最后路飞打败了嘉莉·暗，而这座传说中的黄金城也成为了海贼王路飞和他的伙伴们所拥有的宝藏。
最令人惊喜的是，据悉，《航海王黄金城》的剧情灵感来源于哥伦布的远航探险，漫画家尾田根据哥伦布所写下的《航海日记》，开创又一个惊奇的海上冒险故事。
